V naší laboratoři jsme zavedli rutinní sekvenování covid-19 pozitivních vzorků pomocí NGS za účelem zjištění mutací viru a zařazení vzorků do popsaných linií.

Vybrané vzorky RNA izolátů pozitivních vzorků jsou reverzně-transkribovány do cDNA. Následně dochází k namnožení sekvence kompletního genomu SARS-CoV-2 a přípravě vzorku k sekvenování. Následným sekvenováním a analýzou dat detekujeme veškeré mutace viru SARS-CoV-2. To slouží k přiřazení vzorku k jedné z popsaných linií tohoto viru podle Pango nomenklatury (tzv. britské mutace, jihoafrické mutace a dalších).

Tato epidemiologická data budou sdílena do celosvětové databáze GISAID.